<!DOCTYPE HTML>
<html>

<head>
  <title>Часики</title>
  <meta charset="utf-8">
  <style>
    .hour {
      color: green
    }
    
    .min {
      color: blue
    }
    
    .sec {
      color: red
    }
  </style>
</head>

<body>

  <div id="clock" class="clock">
    <span class="hour">00</span>:<span class="min">00</span>:<span class="sec">00</span>
  </div>

  <script>
    // .. ваш код Clock

    var pageClock = new Clock({
      elem: document.getElementById('clock')
    });
  </script>

  <input type="button" onclick="pageClock.start()" value="Старт">
  <input type="button" onclick="pageClock.stop()" value="Стоп">

  <input type="button" onclick="alert('Часы должны останавливаться во время alert,\nи продолжать корректно работать после нажатия на ОК')" value="alert для проверки корректного возобновления">

</body>

</html>